ความสามารถในการรักษาเสถียรภาพในระหว่างการใช้งานลดลงอย่างมากหรืออาจไม่จำเป็นต้องปรับ อุปกรณ์ระหว่างหรือระหว่างการทดสอบสมองคอมพิวเตอร์อินเตอร์เฟสเป็นอุปกรณ์ที่เปิดใช้งานบุคคลที่มีความพิการของมอเตอร์เช่นอัมพาตเพื่อควบคุมแขนขาเทียมเคอร์เซอร์คอมพิวเตอร์และอินเทอร์เฟซอื่น ๆ ที่ใช้เพียงความคิดของพวกเขา

หนึ่งในปัญหาที่ใหญ่ที่สุดที่ต้องเผชิญกับค่า BCI ที่ใช้ในการตั้งค่าทางคลินิกคือความไม่แน่นอนในการบันทึกระบบประสาทด้วยตนเอง เมื่อเวลาผ่านไปสัญญาณที่รับโดย BCI อาจแตกต่างกันไปและผลลัพธ์ของการเปลี่ยนแปลงนี้คือบุคคลสามารถสูญเสียความสามารถในการควบคุม BCI ของพวกเขาอันเป็นผลมาจากการสูญเสียการควบคุมนักวิจัยขอให้ผู้ใช้ผ่านเซสชันการสอบเทียบใหม่ซึ่งกำหนดให้พวกเขาหยุดสิ่งที่พวกเขากำลังทำและรีเซ็ตการเชื่อมต่อระหว่างคำสั่งทางจิตและงานที่กำลังดำเนินการ โดยทั่วไปแล้วช่างเทคนิคคนอื่นมีส่วนเกี่ยวข้องเพียงเพื่อให้ระบบทำงานได้